Mendeley: бесплатно. Куплен Elseveir, монстром. Думается, пойдет темным лесом вслед за Connotea. Не люблю бесплатного. Это была моя очередная ошибка моей жабы.

Endnote: стоит сколько-то денег. Интегрируется с Математикой. В отличие от Менделея, я — пользователь, а не продукт.

А вы чем пользуетесь? Чего выбрать-то?